Concordance des valeurs d’ARN du VIH par Amplicor et TaqMan chez les patients ayant une suppression confirmée dans les essais cliniques

Contexte Le test COBAS AMPLICOR HIV-MONITOR, version Amplicor, a été remplacé par le test COBAS AmpliPrep / COBAS TaqMan HIV-test, version TaqMan, une réaction en chaîne de la polymérase en temps réel du virus de l’immunodéficience humaine VIH-test avec sensibilité plus élevée Méthodologies Un total d ‘échantillons a été prélevé chez des sujets infectés par le VIH sous traitement antirétroviral pendant au moins des semaines et avait au moins des échantillons consécutifs avec VIH – ARN. copies / mL par Amplicor d’essais cliniques récents Les résultats d’ARN-VIH ont été obtenus à partir des tests Amplicor et TaqMan en parallèle par un laboratoire de référenceRésultats La concordance globale entre les résultats d’analyse était% à la coupure des copies / mL Cependant, discordance statistiquement significative sur les copies n = Par TaqMan, l’échec virologique défini comme HIV-RNA ≥ copies / mL a été rapporté pour% plus d’échantillons que Amplicor. De ces échantillons, les échantillons sont tombés dans les limites prévues de la variabilité du test. de l’ARN du VIH par TaqMan a confirmé la discordance dans seulement les échantillons. Conclusions Le test de TaqMan rapporte moins de sujets en dessous du critère d’évaluation clinique de l’ARN du VIH & lt; copies / ml dans les essais cliniques sur le VIH que le test Amplicor Cette différence doit être prise en compte lors de l’évaluation de la progression de la maladie, la conception des essais cliniques et les comparaisons avec les essais historiques utilisant le test Amplicor

Amplicor, TaqMan, discordant, virémieLe virus de l’immunodéficience humaine de type Plasma VIH-ARN a longtemps été utilisé comme marqueur de substitution pour la réponse au traitement antirétroviral chez les patients infectés par le VIH- L’un des principaux objectifs de l’ART antirétroviral Les lignes directrices mondiales en matière de traitement du VIH diffèrent de la définition de la charge virale cible sous TARV, du temps nécessaire pour supprimer la charge virale et de ce qui constitue un échec virologique. ] Néanmoins, un niveau de VIH-ARN cible de & lt; Pour la détermination des résultats des essais cliniques, la Food and Drug Administration des États-Unis a mis au point l’algorithme de l’instantané Pour les études sur le VIH, l’algorithme Snapshot définit le succès virologique comme le VIH-ARN. ; Par conséquent, la variabilité du test de mesure autour de ce point de temps critique peut avoir des conséquences importantes pour déterminer la valeur d’un seul ARN-VIH évaluée pendant une période de temps critique. Efficacité du régimeLes mesures d’ARN-VIH sont sujettes à variation selon le test de charge virale utilisé et sa distribution normale inhérente et les fluctuations autour du point de consigne de charge virale chez les patients sous TAR stable appelée virémie résiduelle et pouvant être supérieure ou inférieure à copies / mL. – les essais cliniques menés au cours de la dernière décennie ont utilisé un test de PCR en chaîne par polymérase, tel que le test COBAS AMPLICOR HIV-MONITOR, ci-après dénommé Amplicor pour les mesures de la charge virale Actuellement, ce test a été interrompu. a été remplacé par des tests PCR en temps réel, tels que le test COBAS AmpliPrep / COBAS TaqMan HIV-Test, ci-après dénommé Les avantages du test TaqMan par rapport à Amplicor comprennent une gamme dynamique linéaire plus large telle qu’une limite de détection quantitative inférieure / ml et une reproductibilité accrue Cependant, l’introduction du test TaqMan dans la pratique clinique a conduit à ARN & gt; copies / ml comparé au test Amplicor Il y a une variation de l’ARN du VIH chez les patients dont la suppression est stable lorsque la virémie résiduelle est & lt; copies / ml et ceci diminue avec le temps Dans une étude chez des patients traités pendant des mois et des années, un niveau moyen de copies / ml de gamme, – copies / mL a été trouvé Dans une autre étude, la virémie résiduelle a atteint une médiane patients traités pour & lt; ans et copies / mL après des années de traitement suppressif par un test de copie unique Dans un autre rapport, un échantillonnage intensif de la charge virale chez les patients recevant un régime antirétroviral stable pour & gt; mois trouvés variation significative biologique et statistique significative autour de copies / mL et la détection de la virémie & gt; copies / mL de patients Ces résultats ont été interprétés comme n’étant pas des élévations cliniquement significatives de la réplication virale, ce qui est confirmé par de nombreuses études concluant que la virémie transitoire de bas niveau n’est pas cliniquement significative. augmentations significatives des rapports de risque pour l’échec virologique chez les patients présentant une virémie de bas niveau jusqu’à des copies / mL L’impact d’une valeur VIH-ARN & gt; Les copies / mL varient également selon le pays, les directives de traitement locales et les médecins individuels, où certains exigent la confirmation d’un rebond de la charge virale de & gt; copies / ml avant d’envisager un changement de régime antirétroviral, alors que d’autres modifient pro-activement les régimes immédiatement après une seule mesure & gt; Des copies / mLQuestions restent sur la variabilité des résultats obtenus à partir de différents tests de charge virale et comment ces résultats impacteraient les comparaisons inter-études, les évaluations des résultats des essais cliniques et la gestion des patients Cette étude compare les résultats VIH-ARN d’Amplicor à ceux obtenus par TaqMan dans Parallèlement et dans le contexte contrôlé des essais cliniques Plus précisément, l’objectif principal de cette analyse était de comparer les résultats des tests de charge virale près de la norme actuelle de copies / mL pour la réponse dans les essais cliniques

Méthodes

Données et méthodologie

Deux aliquotes provenant d ‘un total d’ échantillons étaient disponibles chez des sujets participant à des essais cliniques en cours chez des patients infectés par le VIH. Tous les patients avaient suivi un traitement antirétroviral pendant au moins des semaines et avaient au moins des échantillons consécutifs. copies / mL par Amplicor pendant l’essai Les résultats du VIH-ARN ont été obtenus en parallèle dans les laboratoires de référence des essais Amplicor et TaqMan Quatre de ces essais ont été réalisés chez des sujets naïfs de traitement avec des échantillons prélevés à divers points de traitement. semaine d’ART; détails de l’essai sont disponibles: les études GS-US– , GS-US– , GS-US– , et GS-US– Deux essais étaient chez des sujets expérimentés, qui étaient virologiquement supprimée et où les deux tiers étaient passés à un nouveau traitement antirétroviral, avec des prélèvements effectués autour de la semaine: études GS-US– et GS-US– Enfin, l’étude GS-US– concernait à la fois Pour chaque échantillon, le sang a été prélevé dans des tubes d’héparine et des aliquotes de plasma ont été préparés et congelés à-° C et expédiés à Covance pour conservation à-° C jusqu’à analyse. mesurée à Covance laboratories Indianapolis, Indiana; Genève, Suisse; Singapour par Amplicor Roche Diagnostics Corporation, Indianapolis, Indiana et TaqMan Roche Diagnostics Corporation en parallèle et sans dilution

Analyses statistiques

Pour évaluer la concordance, les résultats des tests Amplicor et TaqMan ont été initialement regroupés en catégories, & lt; ou ≥ copies / ml Les échantillons sans cible d’amplification non détectée et ceux ayant un signal cible détectable mais inférieur à la limite de quantification du test ont été classés comme & lt; copies / mL Un test de McNemar a été utilisé pour déterminer si la proportion de résultats & lt; La comparaison des caractéristiques démographiques et de la maladie de base entre les sujets avec des paires discordantes et les sujets avec des paires non-discordantes a été déterminée en utilisant le test de Wilcoxon pour les variables continues et le test exact de Fisher pour les variables catégoriques

RÉSULTATS

Analyse de concordance des résultats d’ARN du VIH par Amplicor et TaqMan

Les schémas thérapeutiques consistaient en une combinaison d’inhibiteurs nucléosidiques de la transcriptase inverse NRTI et d’un troisième agent. Le squelette NRTI était l’emtricitabine / fumarate de ténofovir disoproxil / sujets [%], et les troisièmes étaient de la classe des inhibiteurs de la protéase stimulés par le cobicistat ou le ritonavir [% ], l’inhibiteur de transfert de brin d’intégrase INSTI elvitégravir boosté par le cobicistat / sujets [%], ou l’inhibiteur non nucléosidique de la transcriptase inverse classe NNRTI / sujets [%] Les sujets avaient un ARN médian de base des copies / ml et un nombre médian de CD de cellules / μL; l’âge médian était les années,% étaient des hommes,% étaient blancs,% étaient noirs ou afro-américains, et le temps médian depuis l’initiation de l’ART était jours Tableau supplémentaire Utilisant le test Amplicor, le test utilisé pour les analyses primaires de ces essais,% des échantillons avaient VIH-ARN & lt; copies / mL, ce qui concorde avec l’efficacité démontrée dans ces populations de patients. Figure Avec le test TaqMan,% d’échantillons avaient un ARN du VIH & lt; copies / mL Ceci était significativement plus faible qu’avec Amplicor P & lt; par le test de McNemar

Figure Vue grandDownload slideVisualisation de la tabulation croisée des tests Amplicor et TaqMan Les cercles bleus indiquent la concordance; les cercles rouges indiquent la discordance par rapport à la coupure des copies / mL Les chiffres dans les marges sont des totaux pour la ligne ou la colonne respective Les pourcentages sont sur le total des échantillons appariésFigure Vue grandDownload slideVisualisation de la tabulation croisée des tests Amplicor et TaqMan dénoter la concordance; les cercles rouges indiquent la discordance en ce qui concerne la coupure des copies / mL Les chiffres dans les marges sont les totaux pour la ligne ou la colonne respective Les pourcentages sont sur le total des échantillons appariésDans l’ensemble,% des échantillons étaient concordants entre les essais:% démontré & lt; Des résultats discordants ont été observés pour% n = des échantillons analysés. Pour identifier les prédicteurs potentiels de la discordance du dosage, l’historique de la charge virale par Amplicor de tous les sujets et ceux avec des résultats discordants ont été examinés. Tous les sujets avaient au moins des échantillons antérieurs de suppression virale consécutifs de l’ARN du VIH & lt; copies / mL Si un sujet avait un échantillon avec VIH-ARN ≥ copies / ml à tout moment après suppression confirmée, le sujet était étiqueté rebondeur. Par cette analyse, des échantillons provenaient de sujets qui n’avaient jamais eu de rebond virologique. avaient au moins un échantillon de rebond Les échantillons avec des résultats discordants provenaient de différents sujets Trente-huit des échantillons provenaient de sujets qui avaient un rebond virologique antérieur Comparé à tous les sujets analysés, les sujets avec des résultats discordants avaient une virémie de base plus élevée. P = et d’autres caractéristiques telles que l’âge, le sexe, la race, l’origine ethnique, l’étude clinique et le nombre de jours écoulés depuis le début du traitement antirétroviral jusqu’à la date de l’analyse

Comparaison de la virémie de bas niveau à VIH-ARN & lt; Copies / mL

Les tests Amplicor et TaqMan fournissent des informations qualitatives et quantitatives supplémentaires aux niveaux d’ARN du VIH. copies / mL Le test Amplicor a un rapport quantitatif VIH-ARN jusqu’à des copies / mL. Le test TaqMan a augmenté la sensibilité quantitative aux copies / mL. Les résultats qualitatifs des deux essais sont rapportés comme « & lt; cible détectée « ou » & lt; cible détectée « lorsque le signal est inférieur à la limite quantitative spécifique de l’analyse et » cible non détectée « lorsque le signal est absent. Une tabulation croisée étendue des résultats d’analyse peut être trouvée sur la figure.

Figure Vue grandDownload slideMore visualisation détaillée de la tabulation croisée des tests Amplicor et TaqMan Les cercles bleus indiquent la concordance; les cercles rouges indiquent la discordance en ce qui concerne la coupure des copies / mL Les comptages dans les marges sont les totaux pour la ligne ou la colonne respective Les pourcentages sont sur le total des échantillons appariésFigure Vue grandDownload slidePlus de visualisation détaillée de la tabulation croisée des tests Amplicor et TaqMan Les cercles bleus indiquent la concordance. les cercles rouges indiquent la discordance en ce qui concerne la coupure des copies / mL Les chiffres dans les marges sont les totaux pour la ligne ou la colonne respective Les pourcentages sont sur le total des échantillons appariésSur les échantillons qui avaient VIH-ARN ≥ copies / mL par Amplicor, TaqMan VIH-ARN ≥ copies / mL pour les échantillons% et & lt; copies / mL pour les échantillons%; les échantillons étaient entre et copies / mL, et étaient & lt; copies / mL mais détectable Aucun échantillon avec Amplicor HIV-RNA ≥ copies / mL n’avait pas de cible détectée par TaqMan Par conséquent, dans ces échantillons discordants, bien que & lt; TaqMan a rapporté des copies / mL, l’ARN-VIH était encore détectable La plupart des échantillons dans cette étude avaient une cible VIH-ARN non détectée par Amplicor n = La cible non détectée par les deux tests était trouvée pour% de ces échantillons alors que les échantillons avaient un ARN-VIH détectable par TaqMan; % d’ARN-VIH signalés & lt; copies / mL mais avait un signal détectable,% n = avait une virémie plus élevée qui se situait dans la plage de ≥ à & lt; copies / mL par le test TaqMan, et, étonnamment,% n = avait des résultats de TaqMan ≥ copies / mlLes échantillons qui avaient un signal détectable mais avaient VIH-ARN & lt; copies / mL par Amplicor représentaient% des échantillons totaux dans cette étude. n = En utilisant le test TaqMan,% n = la cible VIH-ARN n’avait pas été détectée,% n = avait & lt; copies / ml,% n = eu ≥ à & lt; copies / mL, et% n = eu ≥ copies / mL

La plupart des résultats Discordant Amplicor Versus TaqMan

Pour étudier plus avant la discordance entre les tests, les résultats VIH-ARN ont été tracés pour les échantillons avec des résultats discordants à la coupure copies / mL. Figure Les résultats Amplicor et a ± log copies / mL une gamme estimée de résultats qui pourraient être attendus Les résultats du test TaqMan sont présentés sous forme d’estimations ponctuelles. La plupart des résultats discordants% [n =] ont des valeurs TaqMan comprises dans l’écart-type du test Amplicor. Cependant,% n = des échantillons discordants ont des valeurs TaqMan Ces sujets avaient le sous-type B ou le sous-type n’a pas été fourni. La plupart des sujets avaient des antécédents de rebond: un seul blip n = ou une virémie confirmée qui était contrôlée avant ce point n = D’autres marqueurs de l’infection par le VIH, tels que la charge virale initiale ou le nombre de cellules CD initiales, étaient similaires à la population générale. en prenant des schémas avec un inhibiteur de protéase amplifié ou INSTI, compatible avec les caractéristiques de cette étude

Figure Vue largeTélécharger diapositiveHuman type de virus de l’immunodéficience VIH-RNA assay valeurs copies / ml par les tests Amplicor et TaqMan pour les échantillons discordants valeurs Amplicor ± log copies carrés bleus et barres d’erreur et valeurs TaqMan paires rouges cercles Le panneau de gauche est les résultats pour lesquels le La valeur de TaqMan était supérieure à la valeur Amplicor. Le panneau de droite est le contraire. Les zones hachurées représentent celles où les résultats de TaqMan se situaient en dehors de la variabilité raisonnable du test Amplicor pour les valeurs Amplicor, & lt; les copies / ml de la cible détectée ont été tracées en copies / mL avec des barres d’erreur à – copies / mL, alors que & lt; Les copies / ml cible non détectée ont été tracées à copies / mL avec des barres d’erreur à – copies / mLFigure View largeTélécharger slide Valeurs du test VIH-ARN du virus de l’immunodéficience humaine copies / mL par les tests Amplicor et TaqMan pour les échantillons discordants Carrés et barres d’erreur et valeurs TaqMan appariées cercles rouges Le panneau de gauche représente les résultats pour lesquels la valeur TaqMan était supérieure à la valeur Amplicor. Le panneau de droite est le contraire Les zones ombrées représentent celles où les résultats de TaqMan sont hors de la variabilité raisonnable Amplicor assay Pour les valeurs Amplicor, & lt; les copies / ml de la cible détectée ont été tracées en copies / mL avec des barres d’erreur à – copies / mL, alors que & lt; Les copies / mL cible non détectée ont été tracées à des copies / mL avec des barres d’erreur à – copies / mL

Figure Vue largeTélécharger Diapositive Type de virus de l’immunodéficience humaine Les valeurs de dosage d’ARN sont originales et retestées en copies / mL du test TaqMan pour les échantillons discordants Les carrés rouges désignent des échantillons qui étaient & lt; copies / mL à l’origine et ≥ copies / mL dans le retest Les triangles gris foncé indiquent les valeurs originales et retest qui étaient & lt; copies / mL Les triangles gris clair indiquent les valeurs d’origine et de retest qui étaient ≥ copies / mL Les cercles verts indiquent les échantillons qui étaient ≥ copies / ml à l’origine et & lt; copies / mL dans le test retestFigure View largeTélécharger slideHuman type de virus de l’immunodéficience humaine Les valeurs du test d’ARN sont originales et retestes en copies / mL du test TaqMan pour les échantillons discordants Les carrés rouges indiquent les échantillons qui étaient & lt; copies / mL à l’origine et ≥ copies / mL dans le retest Les triangles gris foncé indiquent les valeurs originales et retest qui étaient & lt; copies / mL Les triangles gris clair indiquent les valeurs d’origine et de retest qui étaient ≥ copies / mL Les cercles verts indiquent les échantillons qui étaient ≥ copies / ml à l’origine et & lt; copies / ml dans le retestLa reproductibilité des résultats VIH-ARN pour les paires discordantes a été évaluée par TaqMan Une troisième aliquote de plasma stocké de chacun des échantillons avec des résultats discordants a été retestée pour le niveau d’ARN-VIH par TaqMan. Pour réanalyser Les discordances n’ont été confirmées que dans les échantillons des échantillons avec TaqMan ≥ copies / mL et des échantillons avec TaqMan & lt; copies / ml; Figure, suggérant que l’erreur dans le test TaqMan est importante dans ces échantillons Bien que les tests répétés aient été testés à un moment différent, ces résultats étaient plus cohérents avec les résultats d’origine d’Amplicor.

DISCUSSION

nce et le passage à un régime potentiellement plus complexe Dans de nombreux cas, cependant, un rebond de charge virale n’est pas associé à une résistance médicamenteuse émergente et la charge virale revient à & lt; copies / mL sans modification du traitement La détection de la virémie peut déclencher des visites et des tests supplémentaires, ainsi que l’anxiété du patient et avoir des implications légales dans les affaires de non-divulgation. L’impact d’une défaillance virologique non cliniquement pertinente en raison de la variation du test un résultat faussement positif peut entraîner une modification du régime antirétroviral. Inversement, un résultat faussement négatif peut permettre le développement d’une pharmacorésistance incrémentale et limiter les options thérapeutiques futures. Mettre l’accent sur des échantillons discordants met en évidence l’impact d’un changement d’Amplicor sur TaqMan avoir sur les essais cliniques Pour les échantillons & lt; copies / ml par Amplicor,% de serait converti en échecs virologiques VIH-ARN ≥ copies / ml par TaqMan Inversement, pour les échantillons avec VIH-ARN ≥ copies / ml par Amplicor,% de serait converti en succès virologiques VIH-ARN & lt ; copies / mL par TaqMan Globalement, les résultats de TaqMan indiqueraient un net de% moins de sujets avec un succès virologique comparé aux résultats générés par AmplicorOn un niveau technique, une certaine variation dans et entre les tests VIH-RNA est attendue. basé sur un seul dosage d’un échantillon donné Dans la présente étude, les échantillons de plasma ont été collectés, traités, séparés en aliquotes, congelés et dosés en même temps pour la comparaison originale. Une limitation à cette étude était que les résultats de l’Amplicor Les tests TaqMan ont été générés à partir d’une seule mesure. En se basant sur l’erreur-type des tests, certains de ces échantillons devraient présenter des résultats discordants, en particulier dans les échantillons où la virémie résiduelle est proche des copies / mL. niveau étonnant de discordance entre les résultats originaux et répétitifs de TaqMan, de sorte que les tests répétés étaient similaires aux résultats originaux d’Amplicor. Si le résultat de la répétition confirme la virémie, les patientes doivent être considérées pour des visites de suivi supplémentaires. Si la répétition confirme la virémie, les patientes ayant précédemment supprimé des résultats d’analyse ≥ copies / mL devraient être considérées comme une option standard. le résultat montre HIV-RNA & lt; Cependant, les implications cliniques du stockage d’échantillons, de nouveaux tests d’échantillons et de l’interprétation des résultats restent à valider. De nombreuses études ont comparé les tests VIH-ARN depuis l’introduction du test TaqMan original. Récemment, une collaboration internationale de grande envergure a examiné les performances comparatives des tests VIH-ARN à des niveaux de charge virale faibles similaires à ceux de l’étude rapportée ici L’étude de Swenson a utilisé plusieurs laboratoires et plusieurs tests de charge virale Dans cette étude, les échantillons appariés ont été évalués spécifiquement en utilisant les tests Amplicor vs TaqMan. Notre étude a étendu ce nombre de laboratoires de référence pliés et utilisés, tous exploités par un seul organisme de test Les résultats de TaqMan signalant un nombre significatif d’échantillons comme ≥ copies / ml qui étaient & lt; copies / ml par le test Amplicor ont été confirmées. En outre, le test TaqMan répétitif des résultats discordants conduit ici à un contexte axé sur les données à la validité de la virémie à ce bas niveau qui pourrait être mis en œuvre pour résoudre les visites inutiles. toutefois, les limites de cette étude Seuls les tests VIH-ARN ont été étudiés Cependant, sur la base de comparaisons d’un spectre plus large de tests, des résultats similaires pour TaqMan signalant la virémie détectable & gt; est cohérent Les implications cliniques de la virémie faible par le test TaqMan nécessitent un suivi à long terme qui n’a pas été étudié ici car la plupart des échantillons étaient les derniers échantillons de l’étude disponibles. Enfin, cette étude s’est concentrée sur des échantillons où le niveau de virémie résiduelle devrait être faible. Une évaluation plus précise de la charge virale réelle dans ces échantillons pourrait être générée en utilisant un test de copie unique du VIH. ARN, mais cette évaluation nécessite un plus grand volume de plasma qui n’a pas été retenu dans ces études et n’est donc pas disponible. Beaucoup d’échantillons avec des résultats discordants sont survenus chez des sujets ayant une virémie transitoire détectable après suppression confirmée. et l’exposition aux médicaments antirétroviraux entraînant le réensemencement du réservoir et le maintien ou l’augmentation potentielle du point de virémie de bas niveau ile sur la thérapie suppressive Cette virémie de bas niveau peut être dans la gamme VIH-ARN – copies / mL qui serait mesurée soit au-dessus ou au-dessous des copies / mL en raison de l’erreur du test

Remarques

Remerciements Les auteurs reconnaissent une discussion utile avec Bryan Cobb de Roche, le fabricant des tests Amplicor et TaqMan. Les auteurs reconnaissent également les contributions de Michael D Miller. Soutien financier Ce travail a été soutenu par Gilead Sciences, IncPotential conflits d’intérêts Tous les auteurs sont des employés et des actionnaires de Gilead Sciences, Inc Tous les auteurs ont soumis le formulaire ICMJE pour la divulgation des conflits potentiels de conflits d’intérêts que les éditeurs considèrent pertinents pour le contenu du manuscrit ont été divulgués